Njemačka tajna policija vrlo brzo je ušla u trag fra Placidovu djelovanju u prilog progonjenih ljudi. Ipak, gestapovci čekaju, u nadi da će njegovim uhićenjem otkriti cijelu mrežu ljudi zauzetih u toj humanitarnoj djelatnosti koja često graniči s političkom aktivnošću. Strpljivo odgađanje izvršenja završnog plana omogućavao im je dublje zalaženje u mnoge pore otpora i potpunije upoznavanje tih aktivnosti u svoj njezinoj dimenziji. Savezničkim iskrcavanjem u francuskoj Normandiji i u talijanskoj Kampanji Nijemci se pribojavaju probijanja tzv. Gotičke linije, pa žele što je više onemogućiti i djelovanje snaga otpora u krajevima pod njihovom kontrolom. Padova je za njih bio grad pun opasnosti, s vrlo razgranatom mrežom otpora i spašavanja ugroženih. Sve je više onih koje uhode, prijavljuju ili se ubacuju u sve pore društvenog pa i vjerskog života. Udiše se sve teži zrak, u svakom zakutku lebdi mogućnost prijetnje, a opasnost vreba iz svake crkvene klupe ili prostorije Katoličke akcije (bijeli partizani), da ne spominjemo posvudašnje razgranate partijske ćelije čak po zatvorima (crveni partizani). Gestapo je pažljivo motrio, da bi uskoro grozničavo intervenirao. Fra Placido im je mogao dobro doći. "Da im je on progovorio, pola bi Padove upala u nacističku mrežu", zapisao je Fantelli u svojem djelu o katoličkom otporu u padovanskom kraju.

Creski fratar sluti da ga prate, sve se više zatvara da bi pružio što manje mogućnosti da ga "otkucaju", zna čak da mu i pisma kontroliraju. Tako u posljednjem sačuvanom pismu rodbini u Cres, fra Placido tvrdi: "Prije sam pisma slao poštom, ali se vidi da nemam sreće ili pak moja pošta ide drugim smjerom." I nakon što žali za propuštenom prigodom da posjeti rodno mjesto, Cortese u istom pismu poslanom po jednom fratru, zahvaljuje sestri što ga potiče na razboritost i oprez, ne krijući ni u tim olovnim vremenima smisao za vedrije promatranje stvarnosti: "Nina mi preporuča razboritost i ja joj zahvaljujem, javljajući joj, kada nas bombardiraju, da imamo iznad glave sedamdeset metara visok zvonik." (21. srpnja 1944.)

U rujnu 1944. samostan sv. Antuna u Padovi posjećuju nepozvani gosti. Jednog dana u veliki samostanski klaustar uđe poviši njemački gestapovac, kojega su fratri izbjegavali susresti i s kojim nitko nije htio niti znao razgovarati. Ipak, našao se jedan stariji fratar koji je nešto nabadao njemački te dozna da se nepozvani stranac zanima za pravni status papinske ekstrateritorijalnosti bazilike i samostana sv. Antuna u Padovi, odnosno, što to sve zapravo znači i što sve uključuje. Makar je odgovor unaprijed dobro znao, ipak je od fratra doznao kako ovaj sakralni prostor ne potpada pod zakon teritorija države koja ga okružuje, pa dosljedno ni vojno-policijska vlast nema u njemu pravne nadležnosti. Gestapovac se dalje zanimao i za djelatnost samostanske zajednice, čime se sve fratri ovdje bave, i ne dočekavši puni odgovor, nenadano ode. Dakako, fratrima koji su sa strane promatrali neznanca u uniformi, nije baš ugodno pao ovakav posjet, neobična znatiželja i nagli odlazak.

Još više uzbuđenja u samostanski život brojne zajednice unio je i susljedni pohod dvojice njemačkih gestapovaca, koji su ovaj put sa sobom doveli i talijanskog tumača. Tražili su o. Placida da ga privedu na razgovor. Provincijal, koji se baš tada našao u klaustru, usprotivio se tom pozivu prizivom na ekstrateritorijalnost samostana kao vlasništva Svete Stolice, kojom se štiti unutarnja samostalnost svetih prostora. No, njemački policajci nisu baš pokazali nježnost za ugovore između talijanskih vlasti i vatikanske države, pa su zaprijetili da će upotrebom sile i bez dozvole ući u samostan. To su odmah i učinili, pretraživši fra Placidovu sobu, dok se on u to vrijeme sklonio u kapeli gdje se molio pred svetohraništem. Kada su ga gestapovci pronašli, naredili su mu da pođe s njima, na što im je provincijal Eccher zaprijetio da će izazvati diplomatski skandal ako tijekom istog dana ne vrate u samostan o. Placida. Policajci su obećali da će to učiniti i doista, nakon nekoliko sati preslušavanja i ispitivanja, creski je fratar vraćen u samostan. Fra Placido nikome nije rekao o čemu se razgovaralo, osim provincijalu, koji se o tome nikada nije izjasnio. Vjerojatno se radilo o vrlo osjetljivom pitanju njegova djelovanja.

Na dan svetkovine sv. Franje Asiškog, 4. listopada 1944. godine, osobni tajnik padovanskog biskupa, mons. Antonio Michieli, zadužen za tajno spašavanje savezničkih padobranaca iz neprijateljske mreže u koju su upadali, pohodio je baziliku sv. Antuna i nakon uobičajenog obreda preminuća sv. Oca Franje, koji se tada obavljao za večernjeg mraka na sam blagdan, a ne uoči svetkovine sv. Franje kako se danas običava, potražio je o. Placida i s njime se u klaustru nasamo zadržao u duljem razgovoru. Poželio mu je i sretan imendan koji uskoro slavi. Dok su ljudi izlazili iz bazilike, fra Placido je biskupova tajnika upozorio kako u crkvi ima i nekoliko engleskih padobranaca u bijegu, kojima je on dao civilnu odjeću da se lakše prikriju. Usput je spomenuo da ga policija stalno traži i nadzire. Biskupov tajnik preporučio je o. Placidu da se bar neko vrijeme makne iz samostana, i tako su se razišli, sa slutnjom u srcu da se sprema nešto kobno.

I tako je stigao osmi dan mjeseca listopada ljeta Gospodnjega 1944. Tog su se dana samostanski klaustar uz baziliku sv. Antuna u Padovi, kao i obližnja uličica Botaničkog vrta, pretvorili u Maslinski vrt, u pravi Getsemani. Vjerni suradnik o. Placida, slovenski student Vojko Arko svojim je izvješćem kasnije upotpunio onu prijavu samostanskoga gvardijana i rektora bazilike, p. Lina Brentanija, kada je ovaj tražio od policije da intervenira u pronalaženju otetog fratra. "Cortese je nestao. Posvetio sam nekoliko dana da osvijetlim način kojim je izvršeno ovo uhićenje. Dva su čovjeka u civilu došla po njega. Govorili su talijanski, sa stranim naglaskom, a jedan je od njih bio bez desne ruke. Cortese je s njima prešao trg i u jednoj nedalekoj uličici (Ulica botaničkog vrta) čekao je automobil u koji su ušla sva trojica. Auto je krenuo i Corteseu se zameo svaki trag. Talijanske i njemačke vlasti odgovarale su na zahtjev samostana da ne znaju ništa o tom slučaju, a i talijanski Odbor za oslobođenje potvrdio je da Cortesea nema u padovanskom zatvoru."

Jedan redovnički subrat, p. Venanzio Paternoster, upotpunjuje pak prizor koji je prethodio otmici: "Od p. Valentina Bordin doznao sam da je, za vrijeme razgovora s p. Placidom u velikom hodniku klaustra netko došao upozoriti o. Placida da je u Klaustar magnolija došao neki MIRKO (velikim slovima istaknuto ime u pismenom izvještaju), prijatelj o. Placida, u želji da mu nešto priopći. O. Placido, prekinuvši razgovor s p. Valentinom, prešao je u Klaustar magnolija. Odate se više nije vratio u samostan."

Dakle, o. Placido je otet iz samostana 8. listopada 1944. u ranim popodnevnim satima. Na prijevaru su ga izmamili iz zaštićene ekstrateritorijalne zone i tako uščuvali legitimitet vršeći pravi zločin te prijevarom ga nagovorili da uđe u automobil koji je u blizini nezapaženo čekao. Vijest se ipak strelovitom brzinom pronijela gradom.

Židov Giorgio Diena deset dana kasnije piše sestri Wandi u Švicarsku: "Mislio sam da ste doznali za nestanak p. Cortesea, kojega su pograbila dva nepoznata… Nad sudbinom p. Corstesea nadvio s najpotpuniji misterij… Od trenutka nestanka nitko do jučer navečer u Padovi nije ništa znao o tom slučaju koji se nametnuo u svim sredinama."

Poput Spasitelja u Maslinskom vrtu, gdje je Juda poljupcem izdao Učitelja, i fra Placida je izdao prisni prijatelj. Štoviše, ne samo jedan, nego dvojica. Mirku ne znamo prezime, ali ćemo ga susresti pri kraju Placidova mučeništva u tršćanskoj samici. Bio je jako brbljav, čini se da je s Placidom govorio hrvatski, a morao je uživati i veliko povjerenje creskog fratra, koji je drugima stalno preporučao oprez prema svima. Morao je biti povjerljivi suradnik, povjerenik koji je za o. Placida prethodno učinio mnogo usluga. A onaj bez desne ruke, zvao se Fritz Werdnik. Bio je nacistički podoficir, poznat i kao tajni prijatelj grupica otpora, gdje je izvrsno glumio svoju ulogu vršeći razne usluge. Rođen u Mariboru 1913. godine, dalekih slovenskih korijena, ali bliskih filonacističkih osjećaja, javio se kao dragovoljac, da bi na ruskoj fronti izgubio desnu ruku. Vraćen je u rodni kraj, gdje je neko vrijeme upravljao otetim crkvenim dobrima, i tu je uspio stupiti u vezu s protunacističkim, ali i antikomunističkim slovenskim krugovima. Iz Maribora je poslan kao čovjek za vezu s protunacističkim krugom u Trstu, gdje je grupu vodio Werdnikov školski kolega Jože Golec. Fritz je uspio steći potpuno povjerenje grupe, nabavivši čak oružje i krivotvorene dokumente za potrebe otpora. Ali, svi su oni s kojima je Werdnik dolazio u vezu, pa i sam Golec, uskoro uhićeni, nestali ili završili u konclogorima. U prosincu 1944. slovenski svećenik Tone Duhovnik i domobranski časnik Rudolf Pogačar zatražili su Werdnikovu pomoć za vezu sa saveznicima. Fritz im je pribavio dokumente, da bi potom u Ravenni bili uhićeni, a njihov zemaljski trag izbrisan u jednoj plinskoj komori.

To je posljednji poznati slučaj u koji je upleten donedavni starac u Salzburgu, koji je hladan kao mramor odbijao svako pitanje o vezi s tim događajima. I kad je nedavno umro, u dubokoj starosti, sa sobom je u grob ponio i mnoge odgovore koji bi zanimali sve nas koji se divimo mučeničkoj smrti creskoga Kolbea. Werdnika je pred smrt posjetio i salzburški biskup, kojemu je na pitanja o Placidovu slučaju, nijekao bilo kakvu vezu s time, a kada je pred odlazak na drugi svijet, valjda uslijed nemirne savjesti, želio ipak nešto progovoriti, salzburški je biskup prekasno došao čuti ispovijed čovjeka koji je nesumnjivi sukrivac što je fra Placido poslan u smrt. Umjesto Judina poljupca, prijatelju je otvorio vrata automobila koji ga je odveo od braće i predao vucima u zagrljaj.

Tako su dva Placidova prijatelja, tko zna po kojoj cijeni i uz koje uvjete, izvršila klasičnu otmicu požrtvovnog i nesebičnog fratra. Za fra Placida, kad je otkrio ovu zamku, to je morala biti dodatna bol, jer izdaja od strane prijatelja kojemu si dobro učinio, ili paralizira sposobnost ljubavi i izaziva prezir, ili pak srca otvara posvemašnjem darivanju samog sebe, poput potpune i posljednje pričesti, kako se dogodilo Kristu Gospodinu, kako su doživljavali brojni mučenici, od kojih fra Placido nikako ne zatvara grimizni niz. Spremni smo vjerovati da je i u srcu creskoga Kolbea prevladao evanđeoski zahtjev ljubavi prema neprijatelju.